On observe une riche faune à la fois marine, aquatique et terrestre qui représente plus de 2 000 espèces dont 70 % sont endémiques, principalement des reptiles et des insectes, mais aussi quelques oiseaux comme le tanager gris couronné ou la buse de Ridgway. Le crocodile américain, que l'on retrouve sur les berges de l'Etang Saumâtre est également assez emblématique d'Hispaniola. Le parc national de Macaya regroupe une multitude d'animaux, amphibiens, papillons, reptiles (tortues marines et tortues d'eau douce, serpents epicrathes arboricoles), chauve-souris, petits rongeurs (zagouti), grenouilles d'Audant qui tiennent sur l'ongle d'un pouce, oiseaux et insectes. Il est possible d'observer également les crocodiles d'Amérique et iguanes verts qui font partie des animaux sauvages protégés.
L'étang de Miragoâne concentre quant à lui une grande variété d'espèces. De même, les fonds marins présentent une faune diversifiée : dauphins, lamantins, baleines à bosse. En revanche, il n'y a pas de requin, alors que l'on observe davantage les marlins bleus, mérous et barracudas. Il existe également de nombreux crustacés, crabes, langoustes, homards et crevettes, des oursins et des conques. Sans oublier les coraux qui forment des reliefs extraordinaires comme des cavernes, grottes ou tunnels, et les poissons multicolores comme le baliste, le poisson-perroquet, le poisson-chirurgien, le poisson-papillon, le poisson-volant.
On compte peu d'espèces dangereuses en Haïti : la mygale peut atteindre 18 cm de large, le scolopendre 30 cm de long ; la chauve-souris représente un vecteur potentiel de la rage et les moustiques, du paludisme et de la dengue.
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